Das Gebiet der Bioinformatik ist in dem Prinzip der stammesgeschichtlichen Verwandtschaft begründet: Verwandte Gene haben ähnliche Sequenzen und verwandte Proteine haben ähnliche Strukturen. Daher kann man mittels der Ähnlichkeit von Proteinen und Genen Erkenntnisse über deren Funktion und über den Verlauf der Evolution ableiten. Aus der Genomforschung ist die Perspektive gewachsen, dass wir eines Tages den Verlauf der Evolution, bis hin zu ihren Wurzeln, in groben Zügen werden verstehen können. Limitierend für dieses Verständnis ist nicht in erster Linie der Rechner, sondern die Fähigkeit der Naturwissenschaft, dem Rechner mit realistischen Modellen für die Veränderung von Sequenzen zu speisen und die Fähigkeit der Bioinformatik, präzise Fragen an Genomdaten zu stellen, die sich mit Hilfe des Rechners konkret beantworten lassen. Fragen wir, z.B., ob der Stammbaum des Lebens in seiner Struktur wirklich wie ein Baum aussieht, so ist die Antwort eher überraschend.